- En Mars 1943, la 29.U-Flottille, basée à La Spezia (Italie), est déplacée vers Toulon. L'arsenal de Toulon passe aux mains de l'Axe, mais il ne peut y installer une flotte de surface importante et l'aménage plutôt en base de réparations pour les U-Boote, avec l'accord du gouvernement de Vichy.
- Au début la 29.U-Flottille ne compte qu'une douzaine de bateaux opérationnels.
- De Juin 1942 à Juillet 1943, c'est le K.K. Fritz FRAUENHEIM qui prend le commandement de la base et par la suite c'est le K.K. Günter JAHN. Ce dernier quitte son commandement en Septembre 1944.
- Les actions des résistants dans l'arsenal restent très discrètes, pour empêcher que le SD repère les réseaux. Seules quelques négligences (acide à la place de l'huile de graissage, des amarres s'entortillant autour des hélices, des bateaux partant à la dérive après que leurs amarres aient lâché...) apparaissent de temps à autres.
- Petit à petit les Alliés renforcent leurs forces en Méditerranée, ce qui cause de plus en plus d'avaries aux U-Boote.
- Le 21 Mai 1943, l'U-303 (K.L. Karl-Franz HEINE) est envoyé par le fond par le H.M.S. Sickle (Classe S).
- Le 08 Septembre 1943, les troupes Italiennes se retirent de la zone après la capitulation de l'Italie fasciste et sont remplacées aussitôt par les Allemands.
- Le 30 Octobre 1943 (21 Octobre 1943 selon une autre source), l'U-431 (O.L. Dietrich SCHÖNEBOOM) est coulé par le H.M.S. Ultimatum (Classe U).
- Le 19 Janvier 1944, l'aviso Nancy
a un accident provoqué et coule
dans un des bassins (Il vient d'être renfloué par
les Allemands!). Son épave bloque ainsi un U-Boot sur le
départ.- Le 04 Février, le même U-Boot est endommagé fortement lors d'un bombardement américain.
- L'Afrique du Nord est aux mains des Alliés et l'Italie est muselée. La situation pour les U-Boote en Méditerranée devient très délicate. La 29.U-Flottille voit ses effectifs diminuer au début de l'année 1944.
- Le 02 Juillet 1944, une reconnaissance aérienne sur Toulon repère cinq U-Boote en état de prendre la mer. Ce sont les derniers. Les renseignements Alliés préviennent que des techniciens allemands montent des Schnorchel sur ces bateaux. Ces derniers sont également équipés de la torpille T5.
- Toulon a été déjà bombardé six fois et se voit de nouveau attaqué sept fois en Juillet et Août 1944.
- Le 05 Juillet, au cours d'un terrible bombardement effectué par 150 appareils, l'U-586 et U-642 sont touchés dans le bassin n°2 de Missiessy.
- Le 06 Août, c'est au tour de l'U-952 et de l'U-969 d'être coulés. L'U-471 est quant à lui fortement endommagé.
- De nombreuses installations et d'ateliers sont détruits lors de bombardements.
- Le 15 Août 1944, lors de l'Opération Anvil puis Dragon (Débarquement en Provence), un seul U-Boot est opérationnel, l'U-407 (O.L. Herbertus KORNDÖRFER). Ce dernier attaque le convoi UGS 48 sans succès.
- Les bâtiments de cette opération sont repérés peu avant 05h00 par la 6ème Flottille de protection basée à Marseille.
- L'U-466 (K.L. Gerhard THÄTER) et l'U-967 (O.L. Heinz-Eugen EBERBACH) semblent avoir effectués une patrouille entre Cannes et Cap Bénat, selon certaines sources. Ils entrent à Toulon et le 19 Août ils se sabordent pour éviter de tomber dans les mains des Alliés.
- L'U-230 appareille le 17 avec un équipage improvisé. Trois jours plus tard il attaque sans succès le croiseur U.S.S. Augusta. Le 21 Août l'U-230 s'échoue puis se saborde pour éviter de tomber dans les mains des Alliés.
- La 6.U-Flottille se retrouve sans aucuns moyens de combattre. Les U-Boote de Type XXIII en construction sous la colline Saint-Pierre et à l'abri du tunnel du Cepet, ne sont pas assemblés à temps.
- Toulon devient un camp retranché et tous les navires y sont sabordés.
- Le 21 Août, l'amiral Ruffus, commandant de la place forte, ordonne la dissolution des éléments de la Kriegsmarine.
- Si Toulon avait eu des abris bétonnés les choses se seraient sûrement passées autrement. L'OT a eu un projet de tunnel à Villefranche, à l'Est de Nice, qui n'a été jamais réalisé (voir les projets d'U-Bunkers en France).
- Lorsque les soldats Français entrent dans l'arsenal dévasté ils découvrent un établissement militaire totalement impraticable. Aux appontements de Milhaud, aux quais Noël et aux Grands Bassins, seules des superstructures et mâtures apparaissent et de nombreuses épaves reposent sur les fonds du port.
- Des gigantesques travaux de deblaiements commencent et des plans d'épaves sont dressés.
- Le premier recensement des U-Boote est effectué fin Septembre, 11 bateaux sont localisés : 10 dans l'arsenal et 1 sur le front de mer. Ce sont les U-230, U-380, U-410, U-421, U-466, U-471, U-586, U-642, U-952, U-967 et U-969.
- Une équipe de spécialistes équipée de matériel nécessaire est envoyée par l'État-Major Anglais avec comme soutien le H.M.S. Salvanture et le H.M.S. Bardolf.
- L'U-230 est le plus accessible car il est échoué devant la plage de Saint-Elme, sur le front de mer à Saint-Mandrier (Voir Notes de la page de l'U-230).
- Début 1945 le Groupe de récupération des sous-marins allemands est crée. Il est placé sous le commandement du Lieutenant de Vaisseau Aubry qui doit suivre les directives de l'I.M. de 1ère classe Papelier de la Majorité Générale.
- Les autorités portuaires trouvent plus aisé d'attribuer aux épaves une lettre de référence 'A', 'B', 'C' etc. plutôt que d'utiliser leur numéros car les épaves non pas pu être formellement identifiées, sauf deux.
